Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica

BENILTON DE SA CARVALHO

Possui graduação e mestrado em Estatística pela UNICAMP e doutorado em Bioestatística pela Universidade Johns Hopkins. Foi Pesquisador Associado no Departamento de Oncologia da Universidade de Cambridge, Professor Afiliado do Instituto de Biologia Computacional de Cambridge, Pesquisador Associado Honorário no Grupo de Biologia Computacional do Cancer Research UK e pesquisador associado ao Departamento de Genética Médica da Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e Desenvolvedor no Projeto Bioconductor desde 2004. Atualmente, é Professor Associado e Chefe do Departamento de Estatística da UNICAMP. Benilton possui experiência no gerenciamento e análise de grandes bases de dados, tendo como foco de pesquisa o desenvolvimento de metodologias analíticas e ferramentas computacionais em Biologia Computacional e Bioinformática voltadas para dados originados por experimentos de microarranjo e sequenciamento, com aplicações em -ômicas.

Currículo Lattes (atualizado em 15/02/2024 20:27:38) Departamento: Departamento de Estatística Bolsa CNPq: Período(s) de Análise: 2015-2024 Endereço: Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Matemática Estatística e Ciência da Computação. Rua Sérgio Buarque de Holanda, 651 CEP 13083859 - Campinas, SP. Área(s) de Atuação: Ciências Biológicas :: Genética :: Bioinformática Ciências Exatas e da Terra :: Probabilidade e Estatística :: Probabilidade e Estatística Aplicadas :: Estatística Genética Ciências Exatas e da Terra :: Probabilidade e Estatística :: Probabilidade e Estatística Aplicadas :: Bioestatística Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Humana e Médica Ciências Exatas e da Terra :: Probabilidade e Estatística :: Biologia Computacional Ciências Exatas e da Terra :: Probabilidade e Estatística :: Probabilidade e Estatística Aplicadas :: Estatística Computacional Citações: Google Acadêmico Formação Acadêmica: Graduação: Estatística , Universidade Estadual de Campinas, 1997-2000 Mestrado: Estatística , Universidade Estadual de Campinas, 2001-2003 Doutorado: Bioestatística , Johns Hopkins University, 2003-2008 Pós-doutorado: , University of Cambridge, 2010-2012 Pós-doutorado: , Universidade Estadual de Campinas, 2013-2015 Livre Docência: , Universidade Estadual de Campinas, 2022 Rank de colaboração: 81 Colaborações Endógenas: LARISSA AVILA MATOS: 11 RAFAEL PIMENTEL MAIA: 11 SAMARA FLAMINI KIIHL: 22

Atenção:As informações de produção listadas a seguir referem-se exclusivamente ao período de análise considerado no presente relatório, bem como ao período, ou períodos, em que o membro estadiou na instituição. Para verificar a produção completa do membro, consulte o seu Currículo Lattes.

Produção Bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos

• HUBER, WOLFGANG; CAREY, VINCENT J; GENTLEMAN, ROBERT; ANDERS, SIMON; CARLSON, MARC; CARVALHO, B. S.; BRAVO, HECTOR CORRADA; DAVIS, SEAN; GATTO, LAURENT; GIRKE, THOMAS; GOTTARDO, RAPHAEL; HAHNE, FLORIAN; HANSEN, KASPER D; Irizarry, Rafael A; LAWRENCE, MICHAEL; LOVE, MICHAEL I; MACDONALD, JAMES; OBENCHAIN, VALERIE; OLE', ANDRZEJ K Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor. Nature Methods (ISSN: 15487091). v. 12. 2015.

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• CANTO, AMANDA M.; MATOS, ALEXANDRE H. B.; GODOI, ALEXANDRE B.; VIEIRA, ANDRÉ S.; AOYAMA, BEATRIZ B.; ROCHA, CRISTIANE S.; HENNING, BARBARA; CARVALHO, B. S.; PASCOAL, VINICIUS D.B.; VEIGA, DIOGO F. T.; GILIOLI, ROVILSON; CENDES, FERNANDO; LOPES'CENDES, ISCIA Multi-omics analysis suggests enhanced epileptogenesis in the Cornu Ammonis 3 of the pilocarpine model of mesial temporal lobe epilepsy. HIPPOCAMPUS (ISSN: 10509631). v. 1. 2020.

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• CORBI, SÂMIA C. T.; DE VASCONCELLOS, JAIRA F.; BASTOS, ALLINY S.; BUSSANELI, DIEGO GIROTTO; DA SILVA, BÁRBARA ROQUE; SANTOS, RAQUEL ALVES; TAKAHASHI, CATARINA S.; DE S. ROCHA, CRISTIANE; CARVALHO, BENILTON DE SÁ; MAURER-MORELLI, CLÁUDIA V.; ORRICO, SILVANA R. P.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M. Circulating lymphocytes and monocytes transcriptomic analysis of patients with type 2 diabetes mellitus, dyslipidemia and periodontitis. Scientific Reports (ISSN: 20452322). v. 10. 2020.

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• SILVA-COSTA, LICIA C.; SMITH, BRADLEY J.; CARREGARI, VICTOR CORASOLLA; SOUZA, GUSTAVO H.M.F.; VIEIRA, ERICA M.; MENDES-SILVA, ANA PAULA; DE ALMEIDA, VALÉRIA; CARVALHO, B. S.; DINIZ, BRENO S.; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL Plasma proteomic signature of major depressive episode in the elderly. Journal of Proteomics (ISSN: 18743919). v. 269. 2022.

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• CANTO, AMANDA M.; GODOI, ALEXANDRE B.; MATOS, ALEXANDRE H. B.; GERALDIS, JAQUELINE C.; ROGERIO, FABIO; ALVIM, MARINA K. M.; YASUDA, CLARISSA L.; GHIZONI, ENRICO; TEDESCHI, HELDER; VEIGA, DIOGO F. T.; HENNING, BARBARA; SOUZA, WELLITON; ROCHA, CRISTIANE S.; VIEIRA, ANDRÉ S.; DIAS, ELAYNE V.; CARVALHO, B. S.; GILIOLI, ROVILSON; ARUL, ALBERT B.; ROBINSON, RENÃ A. S. Benchmarking the proteomic profile of animal models of mesial temporal epilepsy. Annals of Clinical and Translational Neurology (ISSN: 23289503). v. 9. 2022.

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• LACARRUBBA'FLORES, MARIA DORA JAZMIN; DA COSTA SILVEIRA, KARINA; SILVEIRA, CYNTHIA; CARVALHO, B. S.; CAVALCANTI, DENISE PONTES A mesomelic skeletal dysplasia, Kantaputra-like, not related to HOXD cluster region, and with phenotypic gender differences. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A (ISSN: 15524825). v. 194. 2024.

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• SILVEIRA, KARINA C.; KANAZAWA, THATIANE Y.; SILVEIRA, CYNTHIA; LACARRUBBA'FLORES, MARIA D. J.; CARVALHO, B. S.; CAVALCANTI, DENISE P. Molecular diagnosis in a cohort of 114 patients with rare skeletal dysplasias. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART C-SEMINARS IN MEDICAL GENETICS (ISSN: 15524868). v. 187. 2021.

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Capítulos de livros publicados

• CARVALHO, B. S. Working with Oligonucleotide Arrays. 2016.

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Apresentações de Trabalho

• CARVALHO, B. S.; PINHEIRO, H. P.; Andrade, Mariza From statistical models to medical practice: how interdisciplinarity may lead the way to excellence in health care. 2020.

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Orientações

Orientações de Pós-Doutorado

• Prianda Rios Laborda, Benilton de Sa Carvalho () . POS_DOUTORADO. . 2021.

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Orientações de Doutorado

• Barbara Henning da Silva, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Thermoregulation in small mammals:from mechanisms at the organism levelto ecological consequences. DOUTORADO. . 2016.

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• Welliton de Souza, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Desenvolvimento e otimização de protocolos e ferramentas em bioinformática através de técnicas de computação de alto desempenho para uso no processamento de dados biológicos de larga escala. DOUTORADO. . 2016.

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Orientações de Mestrado

• Heidi Mara de Sousa , Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Estudo de Modelos de Classificação com Aplicação a Dados Genômicos. MESTRADO. . 2019.

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• Welliton de Souza, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) ANÁLISE E DESENVOLVIMENTO DE PROTOCOLOS EM BIOINFORMÁTICA PARA ESTUDOS DE EPIGENÉTICA. MESTRADO. . 2016.

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• André Felipe Berdusco Menezes , Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Métodos estatísticos para modelagem de dados de scRNA-seq. MESTRADO. . 2021.

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• Murilo Soares Pinheiro, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Detecção de Pontos de Mudança e Aplicaçõesem Genética. MESTRADO. . 2017.

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• Carolina Peçaibes de Oliveira , Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Deep Learning Aplicado à Estudos de Expressão Gênica. MESTRADO. Em andamento. 2022.

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• Bruna Caroline Dias da Silva, Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Modelos Preditivos de Classificação Aplicados à Biologia Molecular. MESTRADO. Em andamento. 2022.

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• Mariângela Lima Rodrigues, Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Quantificação Gênica em scRNA-Seq por Aprendizado de Máquina. MESTRADO. Em andamento. 2022.

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• Leandro Marrafon Bartalini , Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Modelos de Regressão para Testes de Associação Genética. MESTRADO. Em andamento. 2020.

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Orientações de Iniciação Científica

• Guilherme Artoni, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Ambiente de Alta-Performance para Processamento de Dados de Microarranjos. INICIACAO_CIENTIFICA. . 2018.

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• Mariangela Lima Rodrigues, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Métodos Estatísticos em Microarranjos de Polimorfismos de Base Única. INICIACAO_CIENTIFICA. . 2020.

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• Bruna Caroline Dias Silva, Benilton de Sa Carvalho (CO_ORIENTADOR) Métodos Estatísticos em Microarranjos de Expressão. INICIACAO_CIENTIFICA. . 2020.

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• Mateus Costa Trentini, Benilton de Sa Carvalho (ORIENTADOR_PRINCIPAL) Estratégia de Aprendizado Estatístico de Máquina Aplicada a Dados de single-cell RNA-Seq. INICIACAO_CIENTIFICA. Em andamento. 2022.

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Participações em Bancas

Participações em Banca de Concursos Públicos

• Professor Classe A, Adjunto, Nível 1, Bioinformática. CONCURSO_PUBLICO. Universidade Federal de Viçosa.CARVALHO, BENILTON S2016.

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Participações em Banca de Doutorado

• Joaquim Manoel da Silva. DESENVOLVIMENTO DE METODOLOGIAS PARA PROSPECÇÃO E IMPUTAÇÃO DE MARCADORES SNP A PARTIR DE DADOS DE RESEQUENCIAMENTO DE GENOMAS COMPLEXOS. DOUTORADO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2015.

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• Renato Augusto Corrêa dos Santos. Genomic analysis of aspergillus cryptic species. DOUTORADO. Doutorado em Biologia Funcional e Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2021.

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• Fernanda Lang Schumacher. Robust linear mixed models for longitudinal data using skewed and heavy-tailed distributions. DOUTORADO. Estatística. Universidade Estadual de Campinas.MATOS, L. A.; CARVALHO, B. S.; BRANCO, M. D.; RUSSO, C. M.; NOBRE, J. S.2021.

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• Carlos Eduardo Martins Relvas. Clusterizacão baseada em modelos de mistura gaussianas com covariáveis. DOUTORADO. . Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2020.

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• Cesar Augusto Prada Medina. Estudando a artrite idiopática juvenil mediante uma abordagem de medicina de redes. DOUTORADO. Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia). Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2019.

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• Natália Faraj Murad. Redes de regulação gênica para identificar adaptações de duas raças de Spodoptera frugiperda a diferentes dietas. DOUTORADO. Biologia Funcional e Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S.2018.

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• Fernando Cipriano de Andrade Oliveira. Arquitetura genética dos genes codificadores de proteínas ligantes de RNA. DOUTORADO. Bioinformática. Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2017.

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• Gilderlanio Santana de Araújo. Network-based methods for analyzing the genetics of human complex diseases. DOUTORADO. Bioinformática. Universidade Federal de Minas Gerais.CARVALHO, BENILTON S2017.

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Participações em Banca de Mestrado

• Luís Augusto Eijy Nagai. Identificação de genes relacionados à qualidade da carne de bovinos das raças Angus e Nelore por análise da expressão diferencial. MESTRADO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2015.

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• GIOVANNI MARQUES DE CASTRO. Identificação das quasispécies de Papaya ringspot virus em uma biblioteca de cDNA de Fevillea cordifolia. MESTRADO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2015.

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• André Felipe Berdusco Menezes. Métodos estatísticos para modelagem de dados de scRNA-seq. MESTRADO. Estatística. Universidade Estadual de Campinas.carvalho, b. s.; Veiga, D. F. T.; KIIHL, S. F.2021.

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• André Alexandre Rodrigues Besouro Duarte. Alternative splicing-mediated cis-regulation in breast cancer risk. MESTRADO. Oncobiologia. Universidade do Algarve.CARVALHO, BENILTON S2021.

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• Ana Cláudia Martins Ciconelle. Detecção de copy number variation (CNV) e sua caracterização na população brasileira. MESTRADO. Bioinformática. Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2018.

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• Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo. Análise do transcriptoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessório. MESTRADO. Biologia Funcional e Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2018.

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• Francisco Ivanio Arruda Alves. Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo. MESTRADO. . Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2017.

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• Juan Manuel Vidal Garcia. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes. MESTRADO. . Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2016.

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• Henrique Cursino Vieira. Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA. MESTRADO. . Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2016.

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• Jorge Augusto Hongo. KOMODO2 -- Inferência genômica em larga escala. MESTRADO. . Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2015.

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• Marcella Gonçalves Mazutti. Estudos moleculares das vias mTOR e Tau nas displasias corticais focais. MESTRADO. Fisiopatologia Médica. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2015.

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• Nury Bibiana Riaño Gaona. Modelagem conjunta de dados longitudinais e de sobrevivência com risco competitivo e tempo discreto: Aplicação em dados de evasão estudantil. MESTRADO. Estatística. Universidade Estadual de Campinas.MAIA, R. P.; LOBOS, C. M. V.; CARVALHO, BENILTON S.; GAOA, N. B. R.2022.

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• Heidi Mara do Rosário Sousa. Estudo de modelos de classificação com aplicação a dados genômicos. MESTRADO. Estatística. Universidade Estadual de Campinas.carvalho, b. s.; Soler, J M P; Kiihl, Samara F.2019.

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Participações em Banca de Exame de Qualificação

• Renato Augusto Corrêa dos Santos. Análise genômica de espécies crípticas de Aspergillus. EXAME_QUALIFICACAO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.SANTOS, R. V.; CARVALHO, BENILTON S; GALANTE, P. A. F.2020.

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• Estudo da Contribuição de Retrocópias na Origem de Novas Reg. Estudo da Contribuição de Retrocópias na Origem de Novas Regiões Gênicas. EXAME_QUALIFICACAO. Bioinformática. Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2020.

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• Jorge Francisco Cutigi. Investigation of computational methods for identifying significant mutations in cancer. EXAME_QUALIFICACAO. . Universidade de São Paulo.CARVALHO, BENILTON S2019.

  [ Google | Google Scholar ]
• Sheila Tiemi Nagamatsu. Variações gênicas e transcricionais associadas a vantagens evolutivas e robustez em leveduras industriais de produção de etanol 1G e 2G. EXAME_QUALIFICACAO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2017.

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• Fábio Malta de Sá Patroni. Identificação dos genes regulados pelas diferentes isoformas de HIF-3$\alpha$: desenvolvimento de ferramenta de análise de dados de transcriptômica de tumores de pacientes. EXAME_QUALIFICACAO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2017.

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• Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo. Análise do transcriptoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessório. EXAME_QUALIFICACAO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2017.

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• Ana Cláudia Martins Ciconelle. Detecção de Copy Number Variation e sua caracterização na população Brasileira. EXAME_QUALIFICACAO. . Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2016.

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• Raphael Bruno Amemiya. Análise de ancestralidade genética da população de São Paulo. EXAME_QUALIFICACAO. Bioinformática. Universidade de São Paulo.MATIOLI, S. R.; NASLAVSKY, M. S.; CARVALHO, BENILTON S; AMEMIYA, R. B.2022.

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• Mariene Ribeiro Amorim. Estudo genômico-epidemiológicos do vírus sars-cov-2 na região de Campinas, São Paulo, Brasil. EXAME_QUALIFICACAO. Genética e Biologia Molecular. Universidade Estadual de Campinas.CARVALHO, BENILTON S2022.

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Projetos de pesquisa

• CARVALHO, B. S.; CARVALHO, B. S.; IRIZARRY, R. A. Ambiente de Alta-Performance para Processamento de Dados de Microarranjos. 2017.

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• CARVALHO, B. S.; CARVALHO, BENILTON S Ferramentas para Análise de Dados de Sequenciamento de Genomas Completos. 2020.

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• CARVALHO, B. S.; CARVALHO, BENILTON S; SARIAN, L. O. Z. Comparação do Perfil Genômico de Mulheres Brasileiras e Norte-Americanas Portadoras de Câncer de Mama Receptor de Estrógeno Positivo/HER2 Negativo. 2015.

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Participação em eventos

• CARVALHO, B. S. The Brazilian Initiative on Precision Medicine: Strategies and Findings - A glimpse into Global Bioinformatics Communities: Latin America. 2020.

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• CARVALHO, B. S. Advances by BIPMed. 2020.

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• CARVALHO, B. S. Brazilian Initiative on Precision Medicine: Statistical Perspectives. 2017.

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• CARVALHO, B. S. Big data e dados de pesquisa em saúde. 2018.

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• CARVALHO, B. S. End-to-End Implementations of GA4GH Standards at BIPMed. 2021.

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• CARVALHO, B. S. Desenvolvimentos da Iniciativa Brasileira em Medicina de Precisão. 2021.

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• CARVALHO, B. S. Métodos estatísticos para detecção de mutações e para identificação de genes associados a fenótipos de interesse. 2018.

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• CARVALHO, B. S. Avanços na tecnologia de informação e impacto no diagóstico e terapêutica do câncer: o exemplo do big data. 2018.

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• CARVALHO, B. S. Identificação de Variantes Raras em Estudos Genômicos. 2019.

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• CARVALHO, B. S. Perspectivas da Ciência Aberta no Brasil. 2019.

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• CARVALHO, B. S. New BIPMed Products. 2019.

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• CARVALHO, B. S. Computational Biology: new approaches to understand human diseases. 2020.

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• CARVALHO, B. S. Gestão de dados na Unicamp. 2018.

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Organização de eventos

• CARVALHO, B. S. Ciclo de Webinários - ABE e a COVID-19: Ações e Desafios. 2020.

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